Le grand retour dans le royaume de France
Les siècles qui constituent la période dite moderne sont marqués par de nombreux troubles à Bordeaux qui a du mal à accepter le joug royal français. Cela va entraîner toute une série de résistances, voire de révoltes contre les rois de France, qui useront alternativement de la poigne de fer ou du gant de velours.
Après la bataille de Castillon et la reddition de Bordeaux en 1453, le roi de France, Charles VII, ordonne la construction du « Château du Far » (devenu château du Hâ) et du « Château Trompette » pour protéger le pays contre une nouvelle attaque anglaise et surtout pour contrôler la ville fraîchement conquise. Détruit pendant les guerres de religion, le château trompette sera reconstruit et agrandi sous Louis XIV.
Louis XI succède à Charles VII en 1461. Avec sagesse et réalisme, il prend une série de mesures libérales qui rallient plus sûrement la ville à la monarchie française que le déploiement de forces de Charles VII.
Finalement, à la fin du XVème siècle, les Bordelais souhaiteront montrer leur fidélité à la Couronne par la construction d'une porte aménagée dans l'enceinte primitive : cette porte est ornée d'une statue du roi côté fleuve et des armes de France côté ville (cette porte est aujourd'hui la porte Cailhau).
Pendant la 1ère partie du XVIème siècle, la vie économique profite de l'éclat du règne de François Ier. Le commerce bordelais est en pleine reprise. Le port s'étire et se déplace le long de la courbe de la Garonne. Les abords de la Rousselle et de Saint-Michel ne sont pas délaissés mais un nouveau faubourg se constitue sur les terres marécageuses des « Chartreux » (nom qui deviendra... Chartrons).
Cependant, les troubles politiques et religieux de la deuxième moitié du XVIème siècle compromettent gravement les fragiles relations de la ville avec son roi. Des dissensions fréquentes, notamment lorsque le roi veut lever de nouveaux impôts, opposent les représentants des bourgeois et les représentants du roi. Ces dissensions prennent un tour particulièrement dramatique au moment des guerres de religion, entre 1560 &1598.